后来，在日本战败后，经过调查，美军发现石井四郎回到日本之后突然暴病身亡，已经入土埋葬了。
麦克阿瑟怎么会相信这种小把戏，立即命人把坟墓掘开，下面果然是一副空棺材。
麦克阿瑟随即下令在全日本挖地三尺也要把这个石井四郎给找出来，没过多久，美国特工就抓住了他。
美国人花费那么大功夫找石井四郎，并不是
要把他送上东京法庭接受正义的制裁，而是要和他进行一项见不得人的勾当。
其实，在二战结束之前，石井四郎就已经和包括美国人在内的多国秘密机构进行过试验数据交易，所以他非常清楚手里的这些数据资料对一些人非常重要。
后来麦克阿瑟亲自和石井四郎进行了谈判，双方达成了口头协议，后来又在一家名叫「镰仓」的酒馆里签了书面协议，这份协议书后来被称为「镰仓协议」。
镰仓协议内容一共有九条，主要内容就是石井四郎以及其主要部下20余人帮助美国进行生化研究，将原731部队的秘密研究资料供给美国机构参考。
同时，美国方面对石井四郎及其余731部队成员提供保护，并保证他们免于被起诉。双方还约定这些事情将绝对保密。
当时石井四郎的手里有四份秘密研究资料，美国人急欲得到，这四份资料分别是：《细菌生物武器对活体试验的反应》、《细菌生物武器对牲畜的影响》、《细菌生物武器对植物的影响》以及石井自己的心血之作《20年来细菌战实验报告的论述》。
尽管石井手中的资料非常宝贵，但美国人依旧认为石井及731部队的核心研究人员依然有巨大价值，他们的经验是短时间内无法复制的。
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